乾隆五十至五十二年(1785——1787)，乾隆皇帝指示对十三陵进行过一次较大规模的修葺。但修葺项目不全，且未遵循原制，完整的永陵祾恩殿被拆除，柱木大件用于重修长陵时使用。其余各陵建筑如五开间的祾恩殿、三开间的宫门均被改制缩建，因此在民间有“拆大改小十三陵”传说。
到了民国初期，距离乾隆重修十三陵已经过去了一百多年，各陵园的土木建筑结构已经残破不堪，摇摇欲坠。处于军阀混战时期的民国，也无力再次重修，加之兵匪一家，任由风雨摧折，除明长陵外，其余十二陵土木建筑倒塌贻尽。
明光宗庆陵
明世宗永陵
明穆宗昭陵
明神宗定陵
明仁宗献陵明宣宗献陵明英宗裕陵明宪宗茂陵明武宗康陵明崇祯思陵在抗日战争时期，明十三陵处于四方政治势力角力地带，延庆县是伪满洲国和蒙疆政府管理，触角一直伸入到十三陵地区；昌平县是伪华北政务委员会辖区；而十三陵地区又是平北抗日根据地昌延联合县第三区。无论哪方势力都对十三陵地区没有完全的有效控制管理。1900年10月，八国联军中的德意两军清剿昌平义和团时在十三陵日军在十三陵地区扫荡民国时期，十三陵园中的东、西井，嫔妃太子墓、明崇祯思陵、王承恩墓均被盗掘，盗掘者都是昌平当地农民组成的盗匪，作为十三陵地区的实际占领者日本侵略军出于长期占领中国的目的，反而对十三陵文物采取了一些保护措施，据民国昌平史料记载，十三陵盗墓案发生后，昌平县伪政府还加强了在长陵、定陵、悼陵监等村的警力，委派甲保长巡视各陵。八路军在十三陵地区1940年5月，日伪军大规模“扫荡”之后，在泰陵、景陵、昭陵等村庄建立了据点，隔断了昌延三区与中心区的交通大道。党的地方工作人员来往只有两条偏僻的小山路可走，一条是德胜口东南山梁，另一条是虎峪北沟。被人故意锯断的长陵祾恩门梁架对十三陵园破坏力最大的当属自诩为“守陵人”的当地村民，民国时期，盖房缺少木料砖瓦，就地取材。对于陵园中基本完好的建筑，有些村民采取锯断梁木的方式，让建筑处于倾倒状态，来获取建筑材料。解放后，对长陵进行维修时，就发现祾恩门梁架上发现有多处被锯断。